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Bioinformatics

Spezielle Kapitel aus Informationssysteme:
XML und Datenbanken (1KV)

LVA-Nr.: 365.011
LVA-Leitung: Siegfried Reich
Zeit und Ort: Do 9.10.2008, 12:45-17:00, HF 9905
Mo 13.10.2008, 12:45-17:00, K 223B
Mo 12.1.2009, 12:45-14:00, MZ 005 B
Typ: KV, 1h, Block
Anmeldung: KUSSS
Vorbesprechung: Zu Beginn der ersten Einheit
Unterlagen: Folien: Folien (Version 13. Oktober 2008)

Prüfungsmodus:

1. Abgabe einer schriftlichen Arbeit ODER eines SW-Prototypen (Einzelarbeit oder auch in Gruppen bis zu zwei Personen)
2. Bewertungskriterien für schriftliche Arbeiten, für Software-Prototypen
3. Klausur

Motivation

Austausch und Verarbeitung von XML-Daten ist in auf allen Ebenen von Web-Anwendungen essentiell. Dabei kommen unterschiedlichste Technologien und Konzepte zum Einsatz: Web-Services/SOAP als Protokoll bzw. Schnittstelle, AJAX um auch bei Web-Anwendungen Desktop-artiges Ansprechverhalten zu haben, REST als Architekturstil der Umsetzung, und natürlich Datenbanken zur Speicherung, Abfrage, usw. Die Lehrveranstaltung setzt den Schwerpunkt auf die Datenhaltung in (nativen) XML Datenbanken.

Ziel der Lehrveranstaltung ist es, die technischen Konzepte und gestalterischen Möglichkeiten von XML für Datenbanken darzustellen. In Abstimmung mit anderen Lehrveranstaltungen ("Informationssysteme 2 - Advanced DB Concepts & XML", "Web Information Retrieval") liegt der Schwerpunkt liegt dabei auf der Datenhaltungsschicht insbesondere von nativen XML-DBMS.

Verlauf der Lehrveranstaltung:

In den beiden Block-Einheiten werden die konzeptionellen Grundlagen vorgestellt. Die Studenten können in Einzelarbeit oder in Gruppen zu zwei Personen eine schriftliche Arbeit erstellen oder einen Prototypen implementieren. In der letzten Einheit werden dann zwei Realisierungen repräsentativ vorgestellt (durch die Studenten); auch findet die Klausur statt.

Inhalte der LVA

  1. Dokumente und Daten: Markup, XML (Standards), XML Document Model
  2. XML und Datenmodellierung: konzeptionelles Modell, DTD und XML-Schema, Entwurf von XML Vokabularen
  3. Relationale Datenbanken und XML: Abbildungstypen (nach Inhalt, nach Struktur, hybrid), usw. und Realisierung mit Oracle, MS SQL Server, etc.
  4. Native XML Datenbanken: eXist, ein open-source native DBMS und die Berkeley XML DB, eine embedded DB, werden als konkrete Beispiele besprochen (Einsatzgebiet, Arbeitsweise, usw.)
  5. Navigation, Abfragen und Manipulation: XPath, XQuery
  6. Performanz: Indexierung, Benchmarks

Literatur