Übung Bioinformatik I: Sequenzanalyse und Phylogenie
| LVA-Nr.: | 365.026 (2UE), 365.027 (4KV) |
| LVA-Leitung: | Ulrich Bodenhofer |
| Typ: | 2h, wöchentlich |
| Zeit und Ort: | 1. Gruppe Mi 12:00-13:30 h, T911 2. Gruppe Mi 13:45-15:15 h, HT177F |
| Beginn: | Mi 18.10.2006 |
| Extratermine zur Einführung in Perl: |
Mi, 04.10.2006, 13:45-15:15 h, HT177F Di, 10.10.2006, 10:15-11:45 h, BA9911 |
| Anmeldung: | KUSSS |
Ziele
Praktisches Üben der Vorlesungs-/Kursinhalte - auch und vor allem am Rechner:- Wichtige Software bedienen
- Wichtige Datenbanken benutzen
- Sequenzvergleiche erstellen, Vergleichsalgorithmen verstehen und programmieren
- Phylogenetische Bäume erstellen
- Suche in Datenbanken etc.
Übungsblätter
Es werden Übungsblätter mit Beispielen ausgegeben, die auszuarbeiten sind. Teils sind das Rechenbeispiele, teils Programmierbeispiele. Zu den einzelnen Beispielen werden in der Übung Studierende aufgerufen, die das jeweilige Beispiel abgegeben haben. Unzureichende Kenntnis der eigenen Hausübung führt zur Aberkennung der jeweiligen Punkte. Zum positiven Abschluss der Übungen müssen insgesamt müssen 60% der Punkte erreicht werden.
Hinweis zur Abgabe per E-Mail: Senden Sie Ihre ausgearbeiteten Übungen verlässlich vor Ablauf der Frist an bin1_ue@bioinf.jku.at. Verwenden Sie zur Vereinfachung der Abwicklung bitte den auf dem jeweiligen Übungsblatt angegebenen Betreff (Subject). Verwenden Sie bitte weiters möglichst aussagekräftige Dateinamen, wie z.B. bsp1.pl, bsp5.doc, bsp8.pdf oder ähnliches. Perl-Programme sollten die Endung .pl haben. Textuelle Ergebnisse oder allfällige Erläuterungen oder Ergänzungen zu den Programmen können Sie Attachment anhängen. Dabei werden folgende Formate akzeptiert: Plain Text (.txt), MS Word (.doc oder .rtf), OpenOffice (.odt oder .sxw) oder PDF. Kalkulieren Sie Übertragungszeiten und mögliche technische Probleme ein und warten Sie daher - wenn möglich - mit der Abgabe nicht bis zum letztmöglichen Zeitpunkt.
Hinweis zur Abgabe auf Papier: Beschriften Sie bitte Ihre Lösungen entsprechend (Name, Mat.- Nr., etc.) und geben Sie sie direkt beim Lehrveranstaltungsleiter (TNF-Turm, 7. Stock, Raum T732) oder im Sekretariat des Instituts für Bioinformatik (Raum T731) ab.
Unterstützende Unterlagen und Ressourcen
Folien zum Perl-Tutorial
- Perl-Tutorial.pdf (262KB; letzte Aktualisierung: 2006-11-17)
Programmbeispiele
Download aller Beispiele: Perl-Examples.zip (4KB; letzte Aktualisierung: 2006-10-26)Die folgenden Programme sind enthalten:
- empty.pl: Leeres Template (She'bang-Zeile und use strict;)
- helloworld.pl: "Die Mutter alle Programme"
- testquotes.pl: Demonstration des Unterschieds zwischen einfachen und doppelten Anführungszeichen
- divider.pl: einfaches Beispiel für die Verwendung von Sub-routinen
- simple_election.pl: einfaches Beispiel, das Hashes verwendet
- election.pl: gefinkeltere Erweiterung von simple_election.pl
- lobalglobal.pl: Demonstration der Unterschiede von globalen und lokalen Variablen
- test_regexp.pl: verschiedene Beispiele mit regulären Ausdrücken
- testrelist.pl: verschiedene Beispiele mit der Extraktion von Matches zu regulären Ausdrücken
- testdoublehash.pl: Beispiele zum Umgang mit verschachtelten Hashes
- simple_email.pl: extrem kurze Lösung zu Beipiel 3
- email.pl: extrem kurze Lösung zu Beipiel 3 (inkl. Fleißaufgabe)
- transcription.pl: kompakte Lösung zu Beipiel 4
Perl-Software und -Dokumentation
- ActivePerl
- Introduction and overview of Perl (PDF, 63KB)
- Perl functions reference
- Perl regular expressions tutorial
- The Perl Directory