Bioinformatik IV: Informationssysteme für Bioinformatik (4KV)
| LVA-Nr.: | 365.030 |
| LVA-Leitung: | Werner Retschitzegger (VO) Elisabeth Kapsammer (UE) |
| Zeit und Ort: | Vorlesung: Blocktermine am Anfang des Semesters: Di 08.3.2011 8:30-11:45 Raum MT126 und 12:00-13:30 Raum MT128 Di 15.3.2011 8:30-12:45 Raum HT177F Di 22.3.2011 8:30-12:45 Raum HT177F und 12:00-13:30 Raum K223B Di 29.3.2011 8:30-12:45 Raum HT177F und 12:00-13:30 Raum K223B Übung (wöchentlich, Beginn Do 10.3.2011): Do 8:30-10:00, Raum T211 |
| Klausur: | Di. 5.7.2011, 11 Uhr, Dauer 45 Min, Raum T 212 Es sind KEINE Unterlagen erlaubt. |
| Typ: | KV, 4h |
| Anmeldung: | KUSSS |
Vorlesung
Ziel
Informationssysteme (IFS) spielen in der Bioinformatik aufgrund der umfangreichen und stetig wachsenden Datenmengen eine entscheidende Rolle. Die thematische und räumliche Fragmentierung der weltweiten Bioinformatik-Forschung hat jedoch zu einer starken Spezialisierung der einzelnen IFS geführt. Die Beantwortung typischer Bioinformatik-Fragestellungen erfordert heutzutage im Durchschnitt den Zugriff auf 5-10 verschiedene IFS.Diese Vorlesung gibt zunächst einen Überblick über existierende IFS in der Bioinformatik und fokussiert in weiterer Folge auf aktuelle Konzepte und Technologien zu deren Integration, wobei insbesondere verschiedene XML-Technologien behandelt werden.
Inhalt
- Überblick über IFS in der Bioinformatik
(Anforderungen und Kategorien) - Dimensionen der Informationsintegration und Architekturen
(Verteilung, Autonomie und Heterogenität; Föderierte DB, Data Warehouses, Mediator-basierte DB, Peer DB) - XML-Technologien für die Bioinformatik
(XML Schema, XSLT, XQuery, XML und DB) - Schema- und Metadatenmanagement in integrierten IFS
(Matching- und Mapping-Techniken)
Literatur
Informationsintegration, Ulf Leser/Felix Naumann, dpunkt.verlag, ISBN-10 3-89864-400-6, 2006Skriptum: (online)
- M0: Organisatorisches (0.2 MB)
- M1: IFS in der Bioinformatik (4.3 MB)
- M1.x: UML in der Bioinformatik (2 MB)
- M2: XML Schemadefinition (2.7 MB)
- M3: XML Processing (0.3 MB)
- M4: Integration - Mapping - Matching (3.3 MB)
Übung
Ziel
Vertiefung des VO-Stoffes anhand von praktischen ÜbungenInhalt
- Suche in existierenden Bioinformatik-IFS
- Konzeptionelle Modellierung eines Bioinformatik-IFS in UML und Umsetzung in logische Schemata - relationales DB-Schema und XML Schema
- Befüllung des DB-Schemas unter Verwendung von heterogenen Datenquellen und XML-basierte Abfragen
- Mediatorbasierte Komplementierung der DB - Integration weiterer Datenquellen (u.a. SwissProt)
- Datenaustausch auf Basis von XML: Überwindung von Heterogenitäten unter Einsatz von Matching und Mapping Techniken