Bioinformatik IV: Informationssysteme für Bioinformatik (4KV)
| LVA-Nr.: | 365.030 |
| LVA-Leitung: | Werner Retschitzegger (VO), Elisabeth Kapsammer (UE) |
| Zeit und Ort: | Vorlesung: Blocktermine am Anfang des Semesters Mi 10.3.2010 8:30-13:30, Raum MT 126 Mi 17.3.2010 8:30-13:30, Raum MT 126 Di 16.4.2010 8:30-13:30, Raum BA 9909 Übung (wöchentlich, Beginn Do 11.3.2010): Do 8:30-10:00, Raum T 212 |
| Nachklausur: | Mo 24.1.2011, 8:30-10:00 Uhr, Raum HS 16, Dauer 45 Min Es sind KEINE Unterlagen erlaubt. Anmeldung via KUSSS bis zum Do 20.1.2011, 08.00 Uhr Abmeldung via KUSSS bis zum Mo 24.1.2011, 9.00 Uhr |
| Typ: | KV, 4h |
| Anmeldung: | KUSSS |
Vorlesung
Ziel
Informationssysteme (IFS) spielen in der Bioinformatik aufgrund der umfangreichen und stetig wachsenden Datenmengen eine entscheidende Rolle. Die thematische und räumliche Fragmentierung der weltweiten Bioinformatik-Forschung hat jedoch zu einer starken Spezialisierung der einzelnen IFS geführt. Die Beantwortung typischer Bioinformatik-Fragestellungen erfordert heutzutage im Durchschnitt den Zugriff auf 5-10 verschiedene IFS.Diese Vorlesung gibt zunächst einen Überblick über existierende IFS in der Bioinformatik und fokussiert in weiterer Folge auf aktuelle Konzepte und Technologien zu deren Integration, wobei insbesondere verschiedene XML-Technologien behandelt werden.
Inhalt
- Überblick über IFS in der Bioinformatik
(Anforderungen und Kategorien) - Dimensionen der Informationsintegration und Architekturen
(Verteilung, Autonomie und Heterogenität; Föderierte DB, Data Warehouses, Mediator-basierte DB, Peer DB) - XML-Technologien für die Bioinformatik
(XML Schema, XSLT, XQuery, XML und DB) - Schema- und Metadatenmanagement in integrierten IFS
(Matching- und Mapping-Techniken)
Literatur
Informationsintegration, Ulf Leser/Felix Naumann, dpunkt.verlag, ISBN-10 3-89864-400-6, 2006Skriptum:
- M0: Organisatorisches (0.2 MB)
- M1: IFS in der Bioinformatik (5 MB)
- M1.x: UML in der Bioinformatik (2 MB)
- M2: XML Schemadefinition (3.0 MB)
- M3: XML Processing (3.0 MB)
- M4: Integration - Mapping - Matching (3.0 MB)
Übung
Ziel
Vertiefung des VO-Stoffes anhand von praktischen ÜbungenInhalt
- Umgang mit existierenden Bioinformatik-IFS
- Konzeptionelle Modellierung eines Bioinformatik-IFS in UML und Umsetzung in logische Schemata - relationales DB-Schema und XML Schema (Domain: MicroArrays)
- Befüllung des DB-Schemas unter Verwendung von heterogenen Datenquellen und XML-basierte Abfragen
- Mediatorbasierte Komplementierung der MicroArray DB - Integration weiterer Datenquellen (u.a. SwissProt)
- Datenaustausch auf Basis von XML: Überwindung von Heterogenitäten unter Einsatz von Matching und Mapping Techniken